🎊 使用seqkit批量替换序列ID

使用seqkit批量替换序列ID

在进行组装和比对过程中,要将测序ID替换成物种学名,一个一个替换太慢了,发现seqkit有这个功能。

seqkit replace --ignore-case --kv-file rename.txt --pattern "^(\w+)" --replacement "{kv}" genome.fa -o genome.new.fa

rename.txt 就是改名列表,第一列是原ID,第二列是新ID,中间用tab隔开。 genome.fa 是需要改ID的文件名,genome.new.fa 是新生成的改ID后的文件名。特别要注意的是列表中一定要包含所有的ID,不然他会将列表中不包含的ID改成空白

GN002 Drymonia_coccinea_GN002

GN003 Glossoloma_anomalum_GN003

GN004 Moussonia_elegans_GN004

改名前

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改名后

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